کتاب Mastering Python for Bioinformatics
- سال چاپ: 2021
- تعداد صفحات: 456
- ناشر: انتشارات O'Reilly Media
- زبان: english
- نویسنده(گان): Ken Youens-Clark
- دسته بندی: زبان برنامه‌نویسی, Python
بیوانفورماتیک با پایتون: راهنمای عملی برای زیست‌شناسان و برنامه‌نویسان
آشنایی با بیوانفورماتیک و پایتون
کتاب بیوانفورماتیک با پایتون، نوشته کن یوئنس-کلارک، نویسنده کتاب پروژه‌های کوچک پایتون، راهنمایی کاربردی برای زیست‌شناسان، محققان پسادکتری و دانشجویان است که می‌خواهند مهارت‌های برنامه‌نویسی پایتون را برای حل مسائل بیوانفورماتیک به کار گیرند. این کتاب با آموزش نوشتن کدهای مستند، تست‌شده و قابل‌تکرار، به شما کمک می‌کند تا برنامه‌هایی کارآمد و قابل‌نگهداری برای تحلیل داده‌های زیستی بسازید.
چرا این کتاب را بخوانید؟
بسیاری از برنامه‌های بیوانفورماتیک به دلیل کمبود مهارت‌های برنامه‌نویسی، ضعیف نوشته شده و به‌سختی نگهداری می‌شوند. این کتاب با تمرکز بر بهترین ویژگی‌های پایتون، مانند ماژول Biopython، و ابزارهای مدرن مانند لینترها، فرمت‌کننده‌ها و تست‌ها، شما را در ساخت برنامه‌های باکیفیت هدایت می‌کند. از طریق ۱۴ چالش پلتفرم Rosalind و پروژه‌های عملی، این کتاب مهارت‌های لازم برای حل مسائل زیستی و توسعه ابزارهای قابل‌اعتماد را ارائه می‌دهد.
ویژگی‌های کلیدی کتاب
بخش اول: چالش‌های Rosalind.info
شمارش فرکانس تترانوکلئوتید: یادگیری شمارش و تحلیل داده‌ها.
تبدیل DNA به mRNA: کار با رشته‌ها، خواندن و نوشتن فایل‌ها.
مکمل معکوس DNA: دستکاری رشته‌ها برای تحلیل ژنومی.
دنباله فیبوناچی: نوشتن، تست و بنچمارک الگوریتم‌ها.
محاسبه محتوای GC: تجزیه فایل‌های FASTA و تحلیل توالی‌ها.
فاصله همینگ: شمارش جهش‌های نقطه‌ای.
ترجمه mRNA به پروتئین: استفاده از برنامه‌نویسی تابعی.
یافتن موتیف در DNA: کاوش در شباهت توالی‌ها.
گراف‌های همپوشانی: مونتاژ توالی با k-merهای مشترک.
زیرتوالی مشترک طولانی: استفاده از جست‌وجوی باینری و k-merها.
یافتن موتیف پروتئینی: کار با داده‌های آنلاین و عبارات منظم.
استنباط mRNA از پروتئین: استفاده از محصولات و کاهش لیست‌ها.
محدودیت‌های مکانی: تست و اشتراک‌گذاری کد.
یافتن چارچوب‌های خواندن باز: تحلیل توالی‌های ژنومی.
بخش دوم: برنامه‌های دیگر
Seqmagique: ایجاد و فرمت گزارش‌ها.
FASTX grep: ساخت ابزار انتخاب توالی‌ها.
سنتزکننده DNA: تولید داده‌های مصنوعی با زنجیره‌های مارکوف.
نمونه‌گیر FASTX: نمونه‌گیری تصادفی از فایل‌های توالی.
Blastomatic: تجزیه فایل‌های متنی با جداکننده.
پیوست‌ها
کاربردهای عملی
این کتاب با چالش‌های Rosalind و پروژه‌های عملی، شما را در حل مسائل واقعی بیوانفورماتیک مانند تجزیه فایل‌های FASTA/FASTQ، یافتن الگوهای متنی و تولید داده‌های مصنوعی توانمند می‌کند. از نوشتن برنامه‌های خط فرمان تا استفاده از توابع سطح بالا مانند filter()، map() و reduce()، این کتاب مهارت‌های لازم برای توسعه ابزارهای زیستی قابل‌اعتماد را ارائه می‌دهد.
درباره فناوری
پایتون با ماژول‌هایی مانند Biopython و ابزارهایی مانند linters و تست‌ها، استانداردی برای توسعه ابزارهای بیوانفورماتیک است. این کتاب با تمرکز بر این فناوری‌ها، شما را برای تحلیل داده‌های زیستی و ساخت برنامه‌های مقیاس‌پذیر آماده می‌کند.
مخاطبان کتاب
این کتاب برای زیست‌شناسان، محققان پسادکتری و دانشجویانی مناسب است که می‌خواهند مهارت‌های برنامه‌نویسی پایتون را برای بیوانفورماتیک بیاموزند. دانش پایه در پایتون به درک بهتر محتوا کمک می‌کند، اما نیازی به تجربه پیشرفته نیست.
درباره نویسنده
کن یوئنس-کلارک، نویسنده کتاب پروژه‌های کوچک پایتون، با تجربه در آموزش برنامه‌نویسی و بیوانفورماتیک، دانش خود را با مثال‌های عملی و توصیه‌های کاربردی در این کتاب به اشتراک گذاشته است.
نظرات کاربران